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了袁世凯时代，由胡仁源代理校长，胡仁源为人，一切都是不足道，但是听说当时不曾列名于筹安会，上劝进表，倒也算是庸中佼佼者。”
也就是说，罗家伦对蔡元培入主北大前的几任校长都评价很一般，只对胡仁源拒绝拥戴袁世凯称帝一事很为称道。
1915年下半年，袁世凯策动军阀官僚和御用文人们拼凑各种各样的请愿团体，上书国会要求改变国体，拥戴他当皇帝。北京大学校长胡仁源和教授也成为他竭力拉拢和收买的对象。他先封胡仁源为“中大夫”，又授给北大一些教授四等五等“嘉禾章”。接着他的儿子袁克定“就使人说仁源率大学诸教授劝进”，但遭到胡仁源和北大教授们的严词拒绝。
“仁源本诸教授之意持不可，谢使者。大学遂独未从贼。”面对权势不为所动，坚守道义，体现了胡仁源的风格气节。
胡仁源对北大也进行了一些整顿工作和一系列规划，对本科和预科分别进行调整充实，陆续引进了一批国外留学归来的中青年学者来校任教，尤其在1913—1915年，陆续聘任了一批留日归国倾向革新的章太炎弟子，如马裕藻朱希祖黄侃沈兼士马叙伦等人到北大文科任教。这些学者注重考据训诂，以治学严谨见称，这种学风以后逐渐成为北大文史科教学与科研中的主流。
1915年11月，胡仁源根据蔡元培主持定制的《大学令》，设北大首届评议会，聘请陈介石辜鸿铭冯祖荀俞同奎陶孟和等为评议员，议决校政“大事”。胡仁源的此制度与后来蔡元培改革时的“教授治校民主管理”有异曲同工之妙，而胡仁源是将此制度付诸实践的第一人。
“五四”运动的策源地——北大“红楼”，就始建于1916年6月胡仁源校长在任期间。
但是，这样一所伟大的学校，一个国家的最高学府，在1916年底，蔡元培到任之前，却远非后来那个享誉学界乃至全中国的最高思想和学术的殿堂，而更像一个藏污纳垢之所。
尽管这时已经是民国五年了，但北大校园还远远不像一个现代大学，甚至不像一个学术机构，很多方面更像是一个衙门，仍保留着前清京师大学堂的规矩。校工见了学校里的“大学生”要称“老爷”，而校工的身份则是“听差”。学生有事找校长，要像下级对待上级官长那样写“呈文”，而校长则把自己的“手谕”写在布告牌上。
学生的来源，多是官僚或富家子弟，来这里就读，不是为了求学问，而是当做“镀金”，为将来在政府里谋取官位积累资本。上课之余，这些学生带着听差打麻将吃花酒捧名角，以至于在民国初年，北京地面上流行着“两院一堂”之说。说的是，出入于当时北京着名的红灯区“八大胡同”妓院中的，多是参众两院的议员，再就是来自京师大学堂的“学生老爷”。
多数友人是不赞成蔡元培到北大当校长的，怕因“北大腐败，颓风难挽，整顿不成，徒毁名誉”。但也有少数人主张，“不妨前往一试，即令失败，亦已尽力”。
蔡元培既是应召而回，总不能忘难而却步，因此，后一种意见还是很合他的心意。一定能把北大搞好吗？蔡元培当然没有十足的把握，但总得做过了才能知道，至于“徒毁名誉”之说，他是置之度外的。
如他自己在和范源濂沈步洲反复研商后所说：“北京大学虽声名狼藉，然改良之策，亦未尝不可一试，故允为担任。”
他在此时写给汪精卫的信中，也表明了自己的心迹：“在弟观察，吾人苟切实从教育入手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外所经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京，欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”
原来这位笃信“教育救国”的理想主义者，所以在犹豫是不是就任北大校长，考虑的不是“徒毁名誉”，而是不想因为做官而有误于教育事业。
1917年1月4日，严冬的北京，北京大学的大门口，校工们列好了队站在道上静静等着。过来了一辆马车停在大门口，门帘掀开后，下来了一个戴眼镜的瘦瘦的儒雅中年人，沉静地走到了大家面前。
这就是他们的新校长蔡元培。
校工们马上齐刷刷地鞠躬致敬。谁也没想到，这位校长大人马上也脱下头上的礼帽，郑重地向校工们深深地回鞠一躬。这突如其来的动作，简直让大家又是错愕，又是受宠若惊。
如前所说，北大的前身是京师大学堂，本身充满了官气，而且官本位的劣习一样不拉。也难怪校工们对校长这个大学衙门里“最大的官”给他们这些听差回礼要感到错愕了。
此后蔡元培每天出入校门，当校卫向他行礼时，他照样脱帽鞠躬。
这一“脱帽鞠躬”的寻常举动，给北大带来的却是强劲的震撼，如阵阵春风，在北大的校园荡漾。