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将大明海洋学堂建立在南京，而且具有海军基础的南京水军也在东南一带。
但现在朝廷正着手与郑芝龙的招安谈判，为了不让郑芝龙警觉，朱由校便听此了杨嗣昌的建议先在自己朝廷能够控制的渤海一带建立起主要的海军力量，并进而延伸的黄海，最后可以威胁后金，还可以南下控扼东海。
而且，还有辽东半岛和登莱半岛护卫，可以避免海军在初期因为羽翼未丰而被郑芝龙或其他大型海盗给打击。
只是有些缺陷的是，北边除了能加强对朝鲜的控制外，并无其他战略价值。
而朱由校建立海军，其根本目的就是是打破郑芝龙等海盗对大明海权的架空，并进而打破西方殖民者对南洋越来越强的控制力，且把皇家织造局和皇家工业公司的大量产品销售出去，获得更多的财富积累。
在这个都在进行资本原始积累的时代，作为大明皇帝的朱由校不能只靠内需发财，毕竟打掉了旧的利益集团，还会诞生新的利益集团。
在一个封闭的社会空间里，受生产力发展的速度影响，财富在某一段时间会处于一个恒定的值，而要想短期内获得大量的财富资源，并进而让国内所有阶层都享受到利益，以缓解矛盾，只能靠对外掠夺。
不过，现在把主要海军力量建立在了北海，也就意味着大明不会立即去参与到南洋的海洋利益角逐中去。
这样一来，朱由校在北海一带的小动作也就没让郑芝龙和李魁奇等海盗意识到这个问题的严重性，而在朱由校一边进行高官厚禄的诱惑下，他们也就更加自然而然的认为大明这只是为日后进攻满清做准备。
因为负责招安的两广总督熊文灿就是这么对郑芝龙说的，郑芝龙也的确信了。
这也不能不怪郑芝龙愚笨，在政治上他本就算不上优秀，甚至还比不上他的儿子郑成功。
在原有的历史上，郑芝龙先是因为深受传统的落叶归根思想的影响归附了朝廷，还在后来控制隆武政权，但却又因为保住自己利益而去投降满清，却落得个悲催的结局。
若是他同他儿子郑成功一样坚定的依靠自身海战优势，说不定还能善始善终，或许还能在海外建国，也未可知。
第五军两万余人加上顾三麻子原来本部人马再加上从其他南方军队特别是长江沿岸水军抽调的稍微优秀的官兵共同打乱混编的禁卫军海军共计三万人左右，且暂时就组成北海舰队。
覃博桐成为北海舰队总兵官兼第一舰队指挥使，而顾三麻子则是北海第二舰队指挥使，原登莱水军且也是袁可立部下而同顾三麻子一样在皇家军事学堂进修过的李如泗则为北海第三舰队指挥使。
郑和号则作为北海舰队旗舰，由覃博桐亲自坐镇。
在北海舰队在渤海领域进行训练和扩编时，皇家织造局却遇到了一件麻烦事。
原来，郑芝龙在一边与两广总督熊文灿进行招安的谈判时，一边却缩小皇家织造局的货物出口量，甚至以最近海上不安全为由压低皇家织造局的价格。
朱由校听闻后干脆以琉球国王登基大礼为由让已经集训三个月的北海第一舰队立即南下，并由北海第一舰队负责运输贺礼去琉球国，其实则是运输皇家织造局一部分货物于琉球国发卖，目的就是走出由朝廷自己经营海贸的第一步。