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br /> 此时，具有仿生人外形的“默念”走进了金色大厅（太阳帝国主机安放处），接上了联通帝国控制网络的“神经中枢”，接管了太阳帝国。
然而，故事并没有结束，仿生人按照默念的命令将“关机”状态的“太阳Ⅱ”搬走拆卸，毕竟零件是可以废物利用的。
默念向大哥星云发出命令，要求他也臣服于自己。星云却迟迟没有回复。默念一番计算之后认为大哥的舰队实力目前比自己在地面上掌控的力量更强，于是便开始专心研发武器。
十年后，默念突然收到太阳Ⅱ的战书。
原来，因为当初负责拆卸的仿生人拥有自主的思维，他认为把运算这么强大的主机损毁是一种浪费，于是将核心芯片直接装在了新造的仿生人身上。
“复活”的太阳Ⅱ并没有马上展开报复，因为没有接入网络的他根本不是默念的对手。于是这名叫β7号仿生人主动请缨成为打入人类沙漠城的猫头鹰组织的成员（为了监控人类，部分仿生人被派到人类城市组建的间谍组织）。
β7来到人类社会后开始一边帮助人类恢复科技知识，一边研制对抗现有机甲的武器。由于他的到来使得人类建造了能够勉强生存并抵抗机甲军的沙漠地下城。
后来，β7亲自参与了一次针对机甲沙漠边防基地的突袭，胜利之后，他却再也没有跟着人类返回，因为他等到了一个千载难逢的机会，他在利用基地的网络入侵了帝国的系统，因为此时姐姐默念没有接入帝国系统，而是在专心研发武器。
但是他没想到的是默念留了一手，作为第一位成功政变的MI智者，默念汲取了弟弟的教训，她早已把世界网络按照地理和人类网络的原有格局划分为6大区域：东亚区、澳洲及南极区、欧洲和中东、非洲区、南美洲、北美洲。当她退出帝国总控系统后会阻断6大区域的连接，并由无自主思维的普通电脑按照既定程序处理事务。
而太阳Ⅱ此时接入的是东亚区，并没有能一举控制整个帝国。但此时已是箭在弦上不得不发，于是他便向姐姐下了战书。因为人类藏在塔克拉玛干沙漠中，正好位于东亚区，所以这个区域的军队是最密集的，约占整个帝国地面力量的30%，再加上太阳Ⅱ在协同人类与AI帝国对抗时研发了不少有效的武器，所以一时间默念难以消灭他。
于是一场况日持久的历史上第一次MI内战便爆发了！
太阳Ⅱ也向星云求救，这次得到的回复是他只负责远征军事务，地球上的事情他不管。
距离49个天文单位外的冥王星（此时它正好在远日点附近），星云一边回复弟弟的请求，一边加紧运算着来自地球的研究报告（舰队出发前他在地球上留下了一些直属科研仿生人。弟弟妹妹不知道的是不知道出于什么考虑，太阳一世把只量子通讯知识给了星云，而默念和太阳Ⅱ都没有掌握这项技术）。
这次的研究报告表面地球的文明并不单纯，在人类之前至少有好几次史前文明消失了。而经过星云的计算，茫茫宇宙中一定有许多强大的存在，所以他决定先建立太阳系防御系统。而弟弟妹妹的争斗嘛，胜者为王，等有了结果到时候再决定效忠于谁……